В течение XI-XII веков Самарканд несколько раз переходит от одних завоевателей к другим. Сначала им владели тюрки-караханиды, сменившие в конце X века саманидов; затем город дважды подчиняли себе сельджукские султаны: в 1089 году - Меликшах и в 1130 году - султан Санджар.
Монеты саманидскик шахов. Чеканились в IX-X вв. н. э. в Самарканде
В 1212 году в Самарканде произошло восстание против бесчинств правящей верхушки. Оно было жестоко подавлено хорезмским шахом Мухаммедом, во владение которого входил тогда город. Небо Самарканда заволокли дым и пламя пожаров. За три дня было перебито свыше 10 тысяч человек.
Но приближались еще более суровые времена. На горизонте возникли грозные, беспощадные конные полчища монгольских поработителей.
Весной 1220 года в пределы Мавераннахра ворвались черные орды Чингизхана. Своей жестокостью завоеватели наводили ужас на народы.
"Они ни над кем не сжалились, - свидетельствует современник нашествия историк XIII века Ибн Аль-Аср, - а избивали женщин, мужчин, младенцев, распарывали утробы беременных и умерщвляли зародыши. Искры этого погрома разметались во все стороны, и зло простиралось на всех, как туча, которую гонит ветер".
В марте 1220 года вражеские полчища подошли к городу, Самарканд встал грозным препятствием на пути монгольских завоевателей. Его гарнизон, по свидетельству восточных авторов, насчитывал несколько десятков тысяч воинов. Во главе обороняющихся стоял брат матери хорезмшаха Тугайхан. Население Самарканда и, прежде всего, трудовые массы - ремесленники, мелкие торговцы, чернорабочий люд - были исполнены решимости дать врагу отпор. Они верили, что врагам не удастся овладеть городом, и оказывали героическое сопротивление штурмующим вражеским колоннам, которые вел в бой сам Чингизхан.
Но пока шло ожесточенное сражение за каждый метр городской стены, местная знать и духовенство замыслили предательство. Главный судья, глава мусульманского духовенства и группа имамов тайно отправились к Чингизхану и договорились с ним о сдаче Самарканда. Они-то предательски и открыли врагу городские ворота. Войска Чингизхана ворвались в Самарканд и подвергли его жестокому опустошению. Остатки защитников города удержали древнюю цитадель и соборную мечеть... Но монголы овладели цитаделью, ее защитники были перебиты, мечеть сожжена. Многие тысячи жителей Самарканда были истреблены захватчиками. Тридцать тысяч ремесленников и искусных мастеров обратили в рабство и распределили между монгольской знатью, молодых девушек раздали воинам, юношей взяли для тяжелых осадных работ.
По свидетельству китайского монаха Чан-Чуня, проехавшего через Самарканд после разгрома его монголами, из 400-тысячного населения города осталась одна четвертая часть.
Страна изнывала под монгольским игом.
Доведенные до отчаяния народные массы неоднократно поднимались на борьбу против чужеземцев и местных феодалов. Одним из таких крупных народно-освободительных движений было восстание ремесленников и крестьян под предводительством Махмуда Тараби. Оно началось в 1228 году в Бухаре. Восставшие Iизгнали из города монгольских чиновников и баскаков и одержали победу в сражении с многочисленным отрядом завоевателей. Но сам Махмуд Тараби погиб в бою.