Первая половина XVII века в истории Самарканда связана с деятельностью эмира Ялангтуш-бия Аталыка-Бохадура из узбекского рода Алчин. Именно в период его правления на Регистане были построены медресе Тилля-Кари и Шердор.
Конец XVII и первая половина XVIII веков в истории страны характеризуются междоусобной борьбой феодалов, ослаблением центральной власти, набегами и разорением страны кочевниками. Больше всего Самарканд пострадал в двадцатые годы XVIII века, ставшие особенно тяжелыми в его истории. Периоды полнейшего запустения сменялись относительным оживлением. Но великий город, "украшение мира", все больше хирел и приходил в упадок, Было время, когда в городе, по свидетельству путешественников-очевидцев: "... не осталось ни мужчин, ни женщин, никого, кроме бродячего монаха-каландара Шох Джугуза. Благословенные мечети, священные медресе, богоугодные учреждения разрушаются..."
Перелом к лучшему произошел лишь в конце семидесятых годов XVIII века. В Самарканд, лежавший в развалинах, были переселены жители из. соседних городов и селений. Новоселы построили дома в 24 гузарах-кварталах, восстановили и отремонтировали развалившиеся городские стены, укрепили замок правителя. Население Самарканда отличалось пестротой, так как ханские воины согнали сюда на поселение без разбора представителей самых различных национальностей: таджиков, узбеков, иранцев, туркмен, каракалпаков, арабов, индусов, евреев, памирцев и многих других. Но главное было сделано - город стал жить и набираться сил.
О внешнем облике города после его заселения и отстройки заново можно судить главным образом по значительно более поздним описаниям путешественников и исследователей.
Известный русский востоковед и путешественник Н. В. Ханыков, проезжавший с Российским посольством в Бухару через Самарканд в 1841 году, пишет, что город был окружен высокими стенами с бойницами, башнями и шестью воротами. Протяженность стен составляла около 14 верст, а город занимал площадь свыше десяти квадратных верст. На ночь ворота запирались, и стража никого не впускала и не выпускала без особого распоряжения хакима-наместника.
Доспехи средневекового воина из Самарканда.
Самарканд по тем временам был благоустроенным городом: в нем имелось много садов, по многочисленным арыкам всегда бежала вода, в каждом квартале имелись хаузы-водоемы, путешественники находили отдых и приют в двух отстроенных из камня обширных каравансараях. Самаркандские хаммомы-бани пользовались заслуженной славой.
Арка на реке Зарафшан. Руины средневекового ирригационного сооружения XVI в. н. э.
Таким был Самарканд ко времени присоединения Туркестана к России.