Многочисленные озёра Балканского полуострова весьма различны по происхождению и свойствам. Наиболее крупные озёра лежат в тектонических впадинах1 Албании и Македонии. К этим озёрам относятся: самое большое озеро Балканского полуострова - Скадарско езеро (Скутари), следующие за ним по величине - Преспанско езеро (Пресна), Охрида и группа озёр приэгейских котловин.
1 (Тектоническими называются впадины, возникшие в результате вертикальных движений земной коры.)
Вследствие равнинности дна приэгейских котловин лежащие в них озера очень мелководны; многие из них имеют заболоченные берега. Питание озёр происходит главным образом за счёт поступления речной воды в период зимних дождей. Поэтому наивысшее состояние уровня наблюдается весною. Летом озёра сильно усыхают.
Характерно наличие большого количества карстовых озёр, занимающих впадины, возникшие путём растворения известняковых горных пород. В большинстве случаев карстовые озёра отличаются малыми размерами и отсутствием наружного стока: эти озёра питаются главным образом подземными водами; уровень их подвержен значительным и весьма неправильным колебаниям. Некоторые карстовые озёра существуют периодически, то наполняясь водою, то осушаясь.
Многочисленные небольшие озёра находятся в долине Дуная, питаясь его разливами. Эти озёра представляют собой участки прежнего русла Дуная, с которым они обычно связаны протоками (озёра-старицы). Местами наблюдаются постепенные переходы от озёр к болотам. Самое большое озеро - Балта (17,5 км2).
Несколько крупных и много небольших озёр находятся в причерноморской полосе, в непосредственной близости моря. Крупные озёра (Големо Девненско и группа бургасских) возникли преимущественно в результате затопления морем речных долин и последующего отделения их от моря пересыпями (озёра-лиманы). Кроме озера Големо Девненско, глубина которого достигает 38 м, все озёра Причерноморья очень мелководны. Большинство озёр этого района летом частично пересыхает. Некоторые непроточные озёра - слёноводные (Солёное, или Анхиальское озеро).
Много небольших озёр, размером до 0,5 км2, находится на массиве Рила. Озёра Рилы живописно расположены во впадинах, которые в эпоху последнего оледенения были заняты ледниками. Питаются они преимущественно талой снеговой водой. Наиболее высоко лежит Ледниковое озеро (Бозлу-Гьёль) близ вершины Мус-Алла на высоте 2.722 м.
Многие озёра Балканского полуострова, в особенности Скадарско езеро, Охрида, Буру (на северном побережьи Эгейского моря), придунайские озёра и пресноводные озёра Черноморья, очень богаты рыбой.