Археологические исследования последних лет показывают, что поселения на территории Колумбии возникли в X в. до н. э. К VI—V вв. до н. э. относятся своеобразные и развитые культуры тумако, сан-агусгин, тьеррадентро и нариньо. Первая получила название по имени острова в одноименном заливе Тумако и носит черты синтеза культуры центральноамериканских майя и мочика — индейцев перуанского побережья. Возможно, что поселения индейцев тума, по имени которых и названы остров и залив, были самыми южными аванпостами майя на пути в Перу. Подлинную славу индейцев тума составила керамика, и в первую очередь причудливые статуэтки полулюдей-полузверей (людей-ягуаров) — мотив, распространенный и у майя, и у мочика.
Много научных споров ведется вокруг сан-агустинской культуры, названной так по имени городка Сан-Агустин в верховьях р. Магдалены. Эта культура сформировалась в V в. до н. э. и просуществовала в течение полутора тысяч лет, причем ее великолепные мегалитические памятники (святилища, барельефы, стелы, статуи и т. д.) встречаются по всей южной части горной Колумбии. Масштабы воздействия, уровень развития и датировка культуры вызывают разногласия: считать ли культуру автохтонной (местной) или принесенной извне, подобно культуре тумако? Есть и точка зрения, считающая сан-агустинскую культуру древнейшей «пракультурой» Америки, из которой затем развились культуры Анд, Мексики и Центральной Америки.
Сильное впечатление оставляют подземные некрополи, относящиеся к культуре тьеррадентро (по-испански — «внутренняя земля»). В горном узле Нудо-де-Пасто сохранились подлинные шедевры древнеиндейской архитектуры и настенной живописи. Высоким уровнем развития и самобытностью отличаются и другие древнеиндейские культуры Колумбии: чоко и калима (Тихоокеанское побережье), сину и тайрона (Прикарибская зона), кимбайя и пихао (долина р. Магдалены), гуане и чибча-муиска (Восточная Кордильера).
Культура индейцев чибча-муиска возникла в межгорных бассейнах Восточной Кордильеры, а культура родственных им племен тайронов — в горах Сьерра-Не-вада-де-Санта-Марта. Двойное название «чибча-муиска» объясняется тем, что слово «муиска» означает в переводе «люди», а слово «чибча» происходит от имени их главного божества Чибча-Чума (что значит «опора чибча»). Как и другие значительные цивилизации доколумбовой Америки, цивилизация чибча-муиска была земледельческой. В ее основе лежало террасное земледелие с применением искусственного орошения. Сельское хозяйство чибча-муиска основывалось на выращивании кукурузы, картофеля, фасоли, томатов, тыквы, хлопчатника, табака, коки, ананаса, гуаявы и ряда других культур. Они добывали золото, медь, драгоценные камни (изумруды), каменную соль и каменный уголь, который использовался для плавки драгоценных металлов, формовки соли, обогрева жилищ и храмов. Чибча-муиска имели обширны познания в астрономии, медицине, математике, поддерживали оживленные торговые отношения с другими народами Колумбии, а также с народами Перу и Мексики. Чибча — единственный народ Америки, который к моменту испанского завоевания имел денежную систему и использовал золотые пластинки в качестве меновой единицы.
К приходу испанских завоевателей у чибча-муиска существовало около 20 раннеклассовых государств, важнейшими из которых были Баката (от этого слова произошло нынешнее название Боготы — столицы Колумбии), Ирака (или Согамосо), Дуитама, Гуанета и Тайрона. Верхушку их общества составляли знать и жрецы, основную массу населения — свободные общинники. В Согамосо находился храм Солнца — религиозный центр чибча-муиска. Общее население Колумбии того времени превышало 2 млн. человек, из которых не менее 1,2 млн. человек проживало в государствах чибча-муиска. А в современной Колумбии индейское население едва насчитывает 350 тыс. человек.
К моменту прихода испанцев (1536 г.) индейские государства переживали период упадка. Их раздирали острейшие внутренние социальные противоречия и кровавая борьба за власть среди элиты. Как и при завоевании ацтеков Мексики или инков Перу, испанцы с дьявольской хитростью сталкивали одни индейские государства с другими, завоевывая страну чужими руками. Через 20 лет под ударами конкистадоров пало последнее индейское государство, и победители назвали разграбленную и залитую кровью древнюю страну Новой Гранадой. Завоевание сопровождалось массовым уничтожением населения и культурных ценностей; в огне погибли замечательные храмы, дворцы, города и многие неповторимые памятники древней цивилизации.
Центром колонии Новая Гранада стал город Санта-Фе-де-Богота. Административное устройство Новой Гранады неоднократно менялось. В 1718 г. колония была преобразована в вице-королевство Новая Гранада; в 1723 г. оно было ликвидировано, но снова восстановлено в 1739 г. На захваченных у индейцев землях, на побережье и в горных долинах, были созданы крупные хозяйства — асиенды, производящие сахарный тростник, хлопок, продовольственные культуры. В саваннах Карибского побережья и льянос восточной Колумбии располагались обширные животноводческие хозяйства — эстансии. Часть земель сохранялась в общинном владении индейцев горной части страны. С 1545 г. начался массовый завоз негров на плантации и рудники. Из Анголы, Конго и Нигерии рабов доставляли на крупнейший в то время в мире невольничий рынок в Картахене, а затем увозили на плантации, рудники, в городские хозяйства латифундистов.
Национально-освободительная война, охватившая в начале XIX в. весь континент, разгорелась и в Новой Гранаде. Эта борьба была очень напряженной и кровопролитной, и лишь в 1819 г. объединенные силы новогранадцев и венесуэльцев в сражении при Бояке (около Боготы) окончательно разгромили испанские войска. В декабре 1819 г. в городе Ангостуре (ныне Сьюдад-Боливар в Венесуэле) была провозглашена федеративная республика Великая Колумбия в составе Новой Гранады и Венесуэлы (а позднее и Эквадора), президентом которой стал Симон Боливар. Однако в 1830 г. федерация распалась и страна вновь вернулась к названию Новая Гранада. Три года (1858—1861) она была известна как Гранадская конфедерация и еще 25 лет (1861—1886) — как Соединенные Штаты Колумбии, пока по конституции 1886 г. не обрела свое нынешнее название — Республика Колумбия.
Война за независимость (1810—1819) не привела к глубоким, качественным изменениям в экономической и социальной структуре Колумбии. Чрезвычайно дешевый рабочий труд (рабство в Колумбии было отменено лишь в 1850 г.), медленное создание внутреннего рынка, аграрно-сырьевая ориентация экономики, господство латифундистской элиты — все эти факторы предопределили отсталость страны, слабое развитие промышленности и капиталистических производственных отношений.
На протяжении всего XIX в. в экспорте Колумбии доминировало золото (не менее 40% стоимости вывоза), дополняемое одним из сырьевых товаров: сначала табаком, затем хинином, потом индиго и в самом конце XIX в. — кофе. В 1827 г. кофе впервые стал предметом вывоза, и в 1845 г. на него приходилось около 10% стоимости колумбийского экспорта. После 1880 г. колумбийский кофе стал пользоваться большим спросом не только в Европе, но и в США. В 1906 г. на него приходилось 42% экспорта, а в 1923 г. — уже 80%. Таким образом, в начале XX в. в стране сложилась монокультура кофе.
Развитие капитализма в Колумбии постоянно наталкивалось на упорное сопротивление латифундистов. Отсюда такое характернейшее для истории Колумбии явление, как многочисленные перевороты, гражданские войны (их было более 70), мятежи. На протяжении всего XIX и первой половины XX в. здесь велась острейшая борьба между консерваторами, отстаивавшими интересы латифундистов, и либералами, требовавшими проведения реформ для стимулирования развития капитализма. Во время «тысячедневной» гражданской войны между консерваторами и либералами в 1899—1902 гг. погибло свыше 100 тыс. колумбийцев.
Территориальной целостности Колумбии постоянно угрожали США, стремившиеся захватить зону будущего межокеанского канала. Используя стремление Панамы, входившей тогда в состав Колумбии, к образованию независимого государства, США для осуществления своих экспансионистских планов «поддержали» это стремление, и в ноябре 1903 г. Панама отделилась от Колумбии, образовав самостоятельное государство. В связи с открытием в 1906 г. на территории Колумбии нефти резко усилилось экономическое проникновение в страну США и Англии. В значительной степени этому способствовала политика правительства консерваторов, направленная на стимулирование иностранного капитала. Ожесточенное англо-американское соперничество в Латинской Америке привело в 1932—1934 гг. к войне между Колумбией и Перу. К Перу отошла часть области Летисия, богатая каучуком и хинным деревом.
Мировой экономический кризис 1929—1933 гг. подорвал и без того слабую экономику Колумбии и активизировал освободительную борьбу в стране. В этих условиях к власти в 1934 г. пришли либералы, попытавшиеся осуществить некоторые социально-экономические реформы. В 1935 г. были установлены дипломатические отношения между Колумбией и СССР. Почти десятилетнее правление либеральных правительств было прервано в 1945 г. под нажимом США. Пришедшее к власти консервативное правительство развернуло кампанию жестокого террора против всех демократических сил. В апреле 1948 г. в Боготе агентами ЦРУ был убит лидер левых либералов Хорхе Гайтан, пользовавшийся широкой популярностью в народе. Были расторгнуты дипломатические отношения с СССР (в 1948 г.). Установление в стране открытой террористической диктатуры вызвало развертывание партизанского движения. Началась гражданская война. Период 40— 50-х годов получил название эпохи виоленсии, т. е. эпохи насилия. За это время в стране погибло около 400 тыс. человек. Правительство попыталось подавить народное движение, используя военную помощь США. Однако в 1957 г. диктатура пала под ударами народных масс. Значительную роль в этой борьбе сыграла Коммунистическая партия Колумбии, созданная в 1930 г.
Напуганные подъемом народного движения и ростом популярности коммунистов, консерваторы и либералы поспешили в 1958 г. договориться о создании так называемого Национального фронта. В основу блока, просуществовавшего до 1974 г., был положен принцип чередования на посту президента республики представителей этих двух партий. Прогрессивные силы Колумбии никогда не мирились с этим положением. Решительно выступают против империализма и реакции рабочий класс, крестьянство, интеллигенция. Все более значительную роль во внутриполитической жизни страны играет Коммунистическая партия Колумбии. Она провозгласила необходимость борьбы за осуществление антиимпериалистической, аграрной и демократической революции. Во второй половине 60-х и в 70-х годах все больше усиливается, даже среди буржуазии, реалистическая тенденция к ослаблению экономической зависимости страны от монополистического капитала США. На президентских выборах 1974 и 1978 гг. победу одержали либералы, кандидаты которых провозгласили проведение ряда прогрессивных социально-экономических и политических реформ. Дипломатические отношения Колумбии с СССР были восстановлены в 1968 г. В последние годы наблюдается некоторое расширение советско-колумбийских связей, экономических и культурных.