Отдельные части страны слабо связаны между собой. Несмотря на узость Панамского перешейка, его пересекает только одна железная дорога - Панама - Колон, длиной около 70 км, причем вся эта дорога, за исключением конечных пунктов, находится в Зоне канала и принадлежит Соединенным Штатам. В 1943 году было закончено строительство "национального" шоссе, связавшего эти же два города; главная часть его проходит вне Зоны канала; принадлежит оно правительству Панамы.
На западе страны проходит государственная железная дорога Бокете - Давид - Пуэрто-Армуэльяс, длиной около 200 км, связывающая кофейный и банановый округа с центром этой части Панамы - Давидом и выходным портом на Тихоокеанском побережье - Пуэрто-Армуэльяс. Эта дорога узкоколейная; движение по ней незначительное.
На Караибском побережье есть лишь одна небольшая железнодорожная линия, принадлежащая компании "Юнайтед Фрут" и связывающая ее плантации с побережьем.
Шоссейная сеть страны тоже очень слабо развита. Помимо автодороги Панама - Колон, имеется только одна дорога, проезжая в любое время года; она связывает Панаму с Давидом и горными курортами, расположенными к северо-западу от него. Эта дорога образует один из участков панамериканской автодороги. Однако и она имеет твердое покрытие лишь на участке от Панамы до американской авиационной базы Рио-Ато. Со своими соседями, Коста-Рикой и Колумбией, Панама не имеет железнодорожной связи. В Дарьене вообще нет никаких дорог.
Побережья страны обслуживаются небольшими суденышками, занимающимися каботажем и связывающими пункты побережья с городами Панамой или Колоном. Эти города являются распределительными торговыми центрами, рассылающими иностранные товары и частично собирающими продукцию страны. Во внешней торговле Панамы они играют незначительную роль. Гавани Колона и Панамы мелководны, поэтому не только все суда, идущие через канал, но и те, которые направляются в Панаму, становятся на якорь в портах Зоны канала - Кристобале и Бальбоа, через которые проходит свыше 90% ввоза страны (не считая грузов, предназначенных для Зоны канала). Большая часть остальных 10% ввоза приходится на Пуэрто-Армуэльяс и Бокас-дель-Торо. Вывоз Панамы (продукция плантаций) идет преимущественно через два последних порта, минуя главные центры страны.
За последние годы моря земного шара бороздят все больше судов, над которыми развевается флаг Панамской республики. По общему тоннажу судов, плавающих под панамским флагом (на конец 1949 года - 3,1 млн. г брутто), Панама стоит далеко впереди всех других латино-американских стран, и тоннаж ее торгового флота примерно равен французскому. Но все эти суда в действительности принадлежат иностранным, в основном американским, компаниям и лишь приписаны к портам Панамы, что дает им право плавать под панамским флагом. Причины этой "любви" к панамскому флагу весьма прозаические.
Прежде всего, в Панаме отсутствует трудовое законодательство; в частности, здесь нет ограничений продолжительности рабочего времени. Это открывает капиталистам, чьи суда плавают под панамским флагом, неограниченные возможности для эксплуатации команды. Заработная плата на этих судах особенно низкая. Кроме того, Панама не подписала конвенции о безопасности плавания на море и об обязательном ограничении загрузки торговых судов до "грузовой линии" и не придерживается общепринятых сроков амортизации судов. Поэтому суда, которые в других странах считаются уже не пригодными для эксплуатации, свободно плавают под панамским флагом. Этим и пользуются судовладельцы. Действительно, около 50% всех судов, плавающих под панамским флагом, - это "старые калоши", "гробы", с возрастом свыше 30 лет.
Собственный морской флот Панамы состоит всего из нескольких мелких суденышек.