Согласно конституции 1960 г. (ст. 112-121), в стране могут создаваться независимые институты республики, не подчиненные министерствам. К ним относятся служба Генерального прокурора и его заместителя, которые являются юридическими советниками республики и всех ее органов, а также служба Генерального ревизора и его заместителя, которые проводят генеральную ревизию, но не имеют права запретительного контроля. Все они назначаются президентом и вице-президентом. По конституции, государственные служащие должны были приниматься на работу в соотношении: 70% - греки-киприоты и 30% - турки-киприоты (ст. 122-125). Создавалась комиссия по делам государственной службы, состоявшая из председателя и 9 членов (7 греков-киприотов и 3 турка-киприота), назначаемых на 6 лет президентом и вице-президентом. В задачу комиссии входили распределение постов государственных служащих между представителями обеих общин, их назначение, переводы, отставки, пенсионные дела, контроль за работой.
После декабрьских событий 1963 г. государственные служащие турецкой общины отказались от исполнения своих обязанностей в независимых ведомствах республики, что нарушило их нормальное функционирование. В результате принятого в 1967 г. закона были созданы следующие независимые ведомства, которые функционируют и поныне:
Генеральный прокурор республики назначается президентом из числа квалифицированных юристов с учетом необходимых моральных качеств, он может находиться на этом посту до 68 лет. Генеральный прокурор уполномочен участвовать в работе любого суда, является главным юридическим советником президента, Совета министров и отдельных министров. Он имеет полномочия возбуждать и проводить любые уголовные процессы. Кроме того, конституционная прерогатива президента по отмене или смягчению судебного приговора осуществляется по рекомендации генерального прокурора.
Во главе Ревизионного управления стоит генеральный ревизор. Согласно конституции, он осуществляет контроль за всеми денежными операциями, доходами и расходами высших органов власти республики. В соответствии с законом он также контролирует финансовые счета местных властей, специальных ведомств и других агентств. Ежегодно генеральный ревизор представляет президенту республики доклад о своей деятельности, который рассматривается палатой представителей.
Задачей Комиссии по делам государственных служб является назначение, утверждение, перемещение и осуществление дисциплинарного контроля над государственными служащими, включая и их увольнение. Комиссия состоит из председателя и четырех членов, назначаемых президентом на шесть лет. Председатель комиссии ежегодно представляет доклад о ее деятельности Совету министров.
В ведении Комиссии по образовательной службе находятся дела, связанные с преподавателями в государственных школах и институтах. Комиссия осуществляет их назначение и утверждение в должности, переводы и дисциплинарный контроль. Комиссия состоит из председателя и четырех членов, назначаемых президентом сроком на шесть лет. Ежегодно председатель комиссии представляет доклад о ее деятельности в Совет министров.
Комиссия планирования, созданная по решению Совета министров, является высшей планирующей структурой правительства. Она возглавляется президентом и включает шесть министров, чья деятельность непосредственно связана с экономическим и социальным развитием. Это министры финансов, просвещения, сельского хозяйства и природных ресурсов, торговли и промышленности, труда и социального обеспечения, коммуникаций и общественных работ. В заседаниях комиссии принимает участие директор Центрального банка республики.
Бюро планироваиня является экономическим и административным орудием Центральной комиссии планирования, в его состав входят квалифицированные экономисты и администраторы. Бюро подотчетно председателю Центральной комиссии планирования, согласует свою повседневную деятельность с министром финансов. В функции Бюро планирования входит подготовка общего и регионального планов, контроль за их своевременным претворением в жизнь для обеспечения сбалансированного развития экономики страны.
Бюро планирования состоит из двух главных секций:
1. Секция планирования отвечает за подготовку краткосрочных и долгосрочных планов экономического и социального развития, проводит экономические и социальные исследования и анализ, разрабатывает внутрисекторные и координационные планы, проверяет осуществление планов, участвует в подготовке ежегодного бюджета развития.
2. В задачи секции координации, исполнительной и технической помощи входят подготовка ежегодного бюджета развития, координация долгосрочных и ежегодных планов развития, подготовка ежеквартальных отчетов по их выполнению, а также запросов о технической помощи Кипру на многосторонней и двусторонней основе.